Володимир Боніфатійович народився в селі Махнівці Бердичівського повіту Київської губернії (тепер Козятинський район Вінницької області) у родині зубожілих безземельних польських шляхтичів, генеалогічно споріднених із Правобережною Україною.

Становлення Антоновича як політичного лідера відбувалося досить складно і почалося, перш за все, з визначення себе як українця та відкритого конфлікту з друзями-поляками, з розуміння обов’язку перед українським народом.

В юнацькому віці приєднується до так званих "хлопоманів", стає одним з організаторів Київської громади, очолює в ній "хлопоманський" гурток, члени якого вважали, що український народ має право на своє національне відродження.

Продовжуючи просвітницькі традиції кирило-мефодїївців, Антонович і його однодумці стояли вже на позиціях якщо не відвертого матеріалізму, то в усякому разі еволюціонізму й позитивізму. Критичне ставлення до існуючих у царській Росії порядків, засудження самодержавства, сповідування принципів конституціоналізму, парламентаризму і федералізму спонукало громадівців до просвітницької діяльності і пропаганди наукового світогляду. Саме ці чинники, на переконання Володимира, повинні змінити суспільство.

На формування особистості та на життєву позицію Антоновича вплинули козацькі рукописи, твори Тараса Шевченка, Пантелеймона Куліша, Аполлона Скальковського, етнографічні збірки, які він читав ще у студентські роки.

Завдяки своєму потягу до знань та наполегливій щоденній праці Антонович став професором Київського університету ім. Святого Володимира (1878-1903), членом-кореспондентом Російської імператорської академії наук (1902), деканом історико-філологічного факультету Київського університету (1880-1883), дійсним статським радником, кавалером орденів Св. Станіслава ІІ ступеня, святого Володимира ІІІ і ІІ ступеня, автором відомих у Російській імперії і Європі праць з історії церкви, козацтва, сотень невеликих статей, рецензій, історичних оглядів.