Його підозрюють у причетності до організації вбивства мера Нефтєюганська Володимира Пєтухова у 1998 році.
11 грудня батьку Ходорковського вручили повістку до суду для сина, який мешкає у Швейцарії. Однак той на суд прилітати відмовився.
У 2007 році за вбивство Пєтухова, а також ще одного бізнесмена, Євгена Рибіна, засудили до довічного ув'язнення Олексія Пічугіна, голову служби безпеки ЮКОСа, що належав олігарху.
Ходорковський, який відсидів 10 років за обвинуваченням у фінансових оборудках, звільнився два роки тому і відтоді мешкає за кордоном.